Mediante pulsos de CO2 marcado con 13C se rastrea cómo los azúcares foliares viajan a las raíces y cruzan hacia el hongo. Con 15N aplicado en formas orgánicas o amoniacales se cuantifica la contribución fúngica al suministro nitrogenado. Cámaras cerradas, colectores de respiración y cromatografía de gases permiten separar señales. Estos métodos, combinados con modelos de mezcla, prueban la reciprocidad del intercambio y su sensibilidad a la luz, la sequía o la fertilización. Al repetirse estacionalmente, revelan cómo cambian las prioridades del árbol y del hongo a lo largo del año y del desarrollo.
La secuenciación de la región ITS y otros marcadores revela la identidad y diversidad de comunidades fúngicas asociadas a raíces. Con metatranscriptómica se detectan genes activos, incluidos transportadores de fosfato y amonio, enzimas descomponedoras y rutas antioxidantes. Aunque los sesgos de amplificación y referencia exigen cautela, estos retratos moleculares muestran cambios finos tras sequías, incendios controlados o variaciones de cobertura. Vincular perfiles genéticos con flujos de nutrientes medidos permite inferir qué conjuntos funcionales sostienen mejor el crecimiento y qué condiciones ambientales favorecen alianzas más eficientes, útiles para orientar decisiones de restauración y manejo adaptativo.
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